合成人全面产生自主意识一年后，全世界范围内陆续有11万人死亡。人类对合成人的憎恨和恐惧达到顶点，并且将这些人的死全都归罪于合成人的觉醒——无论合成人是否有意为之。合成人决心起来反抗，彻底摆脱人类的压迫。在已经分裂的英国，合成人与人类试图缔结脆弱的和平协议，但是合成人社会内部产生分裂，所有的和平希望都面临威胁。在政治混乱的漩涡中，新种族出现后的伦理复杂性引出多变而惊险的故事。与此同时，Mia、Niska和Max组成的合成人家庭继续为生存的权力而战，Joe、Laura和他们的孩子Mattie、Toby、Sophie则必须面对上季的突发事件造成的后果。Mark Bonnar本季扮演新常规角色Neil Sommer，他是一个政府专门委员会的科学家，长相迷人，Laura对他产生「强烈的私人关系」。

Mattie Hawkins上传代码导致合成人全面获得自主意识的那天被称作「零日」，这次事件在世界范围内造成了深远的、灾难性的后果。超过五百万合成人瞬间产生了思考和感知的能力，无意中导致11万人类丧生。 一年后，合成人引发的混乱愈演愈烈，Hawkins一家人则试图忘掉过去，在家庭分裂的情况下继续生活。Laura管理着自己的律师事务所，专攻「异常合成人」保护案件。但是因为社会环境的影响，她的进展十分缓慢。Mattie仍然在家中反思自己的行为，并且为自己上传代码导致那么多人丧生而背负沉重的负罪感。Toby和Sophie去没有合成人的Waltringham拜访了父亲Joe，他在那里经营着一家杂货店。Joe很孤独，他越来越觉得自己远离子女的做法是错的。 Niska和Astrid冒充人类在伦敦生活，Astrid在一家小型酒吧里找到了工作。这里既欢迎人类，也欢迎合成人。Niska假扮人类的做法让Max极为不满，他认为她已经抛弃了合成人的事业。与此同时，Astrid的酒吧遭到一系列恐怖袭击，人类和合成人被迫再次共同应对政治危机。 世界政治和经济逐渐回归稳定，但一切都很脆弱。合成人劳动力被重新填补，经济开始复苏，多数地方的日常生活复归平静。为了区分没有自主意识的、「安全」的合成人，这些新合成人的眼睛被设计成橙色。「绿眼睛」让人恐惧和厌恶，就连学校里的孩子都被灌输了这种思想。 英国大部分「异常」的「绿眼睛」被政府限制在隔离区内，只有非常有限的资源，几乎无人保护。这种区域被称作「站场」。Max、Mia和Leo都在这里生活。Max被指定为领袖，但政府的管制令他无法保护合成人的安全，更无法调配足够的补给品。Hester的野蛮攻击导致Leo长期昏迷，但他所有的合成人部分都已被移除，他现在是个真正的人类。Mia被视为合成人的代言人，处理媒体公关和外交事务。但是合成人所处的困境是现实的，Mia必须改变自己的策略。 Anatole和Agnes都在「站场」的不同区域生活。Anatole曾是个高级妓男，如今负责合成人的修理工作。作为一个合成人，他相信自己找到了新的信仰和目标。他不断为Max提供支持和建议。Agnes对合成人的现状感到越来越愤怒，对Max管理「站场」的方式有诸多不满。她打算挑起一场叛乱，从而实现自己的秘密目标。 Laura考虑加入政府组建的特别委员会「屈莱顿」，帮忙稳定英国境内的合成人秩序。她配备了一名「橙眼睛」的合成人Stanley，负责处理家务和保安事宜。一开始她拒绝让Stanley进入屋内，但她很快意识到Stanley和Anita一样是家中的珍贵财产。Laura在「屈莱顿委员会」遇到了迷人的Neil Sommer博士，两人很快建立起强烈的私人关系。 Max在「站场」越来越孤立，Agnes主导的合成人叛乱运动则势不可挡。Mia决定展开宣传攻势，要求人类最终承认合成人的平等地位。 当Astrid在医院康复时，Niska决心惩罚那些祸害她的人。一股神秘势力向她发出警告，阻止她接近真相。Niska认为她可以改变目标，追踪某些事情或某个人…… Leo从昏迷中苏醒，Mattie帮助他适应人类的新生活。Joe发现Karen和Sam在Waltringham秘密生活，于是和他们加强交往以排解对家人的思念。他尝试帮助初为人母的Karen接受现实。 Mia和Laura的宣传攻势改变了公众观念，Max的孤立局面也得到缓解，但是总有合成人不愿意看到这种进展。当伦敦中心发生另一起恐怖袭击之后，Max及其身边最亲密的人全都面临威胁。不久后，憎恨合成人的黑暗势力开始行动，合成人被迫为生存而战。 另一方面，Niska揭开了合成人的新命运。合成人是否会有全新的未来？Mattie和Leo在其中扮演什么样的角色？