在神秘的南极冰层里，发掘出星际之门建造者遗弃的基地。星际之门亚特兰蒂斯小队应召执行一次冒险性最大的星际之门任务——前往遥远的天马星系。亚特兰蒂斯小队遭遇不断威胁人类生命无处不在的新敌人——幽灵。

Weir博士重获新生，McKay博士试图拯救遭受复制者攻击后早已成千疮百孔的亚特兰蒂斯。可供使用的能源仅可维持24小时，又无法使用星际之门，亚特兰蒂斯小队能否再次战胜世界末日...... McKay与Sheppard计划从复制者的手中夺回ZPM。而与此同时，Samantha Carter会同Apollo正在找寻传说中遗失的城市--亚特兰蒂斯。McKay他们的计划能否成功?Carter能否找到遗失城市的所在?