新西历时代,人类迈入宇宙又过了快2个世纪了新西历187年，地球圈陷入了前所未遇的混乱中，在这场被称为バルマー的战役中（スーパーロボット大战α），人类了解到地球外的智能生命体正在外太阳系进行大规模战争，但是更令人震惊的是，智能生命体的天敌ＳＴＭＣ（宇宙怪兽）的存在。虽然バルマー战役终于阻止了它们的进攻，但估计不久之后它们便会卷土重来。人类已没有退路……而且，人类制定了若乾关系人类生存的计划。抵御外敌保卫地球的イージス计划；旨在发现新母星的超远距离移民船团计划；以及カルネアデス计划新西历188年爆发的外星人势力、木星势力和地下势力的战争……封印战争（第２次スーパーロボット大戦α）中各个计划有条不紊的进行着新西历189年，由于人类用以封印地球的人造神ガンエデン的破坏而导致封印战争的结束……但是，仅仅数周后便出现了一个接一个的动荡的苗头。暗中活动在地球圈的神秘军事组织和外星人，アステロイドベルト宙域出现的巨大的物体，失去关联的超远距离移民船团……此时将要迎来人类最终的战斗……银河终章的战地钟声即将被敲响。