故事從一個突然出現在日本某處海上的不明黑色柱狀物體開始，這個黑色柱狀物體開始從異世界召喚召喚獸。一位地質學家Hayakawa博士與他的太太 Marie冒險嘗試穿過通往異世界的大門，最後安全地回到了地球，他們将他們的冒險經驗寫成了一本書。接着他們兩夫婦又再次回到異世界，打算進行第二次探險，不過這次他們就沒有那麽幸吡?hellip;… Hayakawa博士的孩子們Ai與Yuu，決定去尋找他們失蹤的父母們。他們試着從父母親最初旅行的線索開始找起，之後他們發現父母親的出發點爲異世界的地下鐵站，而火車将在12點13分13秒啓程前往異世界，就這樣他們開始了他們尋找親人的故事……