自从彻底消灭了死对头施莱德之后，四个一身墨绿的乌龟小子在日渐平静的大城市纽约里的生活也随着逍遥起来。平日里除了在下水道里度过轻闲时光之外，便是享受他们钟爱的食物比萨饼了。当然，他们也还会经常在一起抄起家伙比划一番，以免生疏了自己的搏斗技能。而且，日渐成熟的他们也开始像长大的人类那样多了份耍酷的心思。人生如故事一般，哪会总有平静的日子陪伴。这部继可恶的施莱德之后，又一个大坏蛋应运而生。他就是大反派马科斯温特斯帕特里克斯图尔特。此人的出现，却让老鼠大师斯普林特岩松信忧心忡忡。因为马科斯温特斯是一个比他的“前任”施莱德更野心勃勃且心狠手辣的家伙，他的目标是统治整个世界。

聪明的马科斯借助天文以及些许带些奇幻传说色彩的三千年一遇的“九星连珠”，将传说中的一支强大的远古怪兽军团复活，并带到了当今的人类社会。有着“鬼脚忍者”之称的一伙恶人在头领卡拉章子怡的带领下也前来与马科斯结盟。两伙恶势力共同在纽约城里四处作乱破坏。见此情景，玩耍中的绿色英雄们自然不会随手旁观。面对强大的敌人，“忍者神龟TMNT”重新组队，在极具正义感的漂亮女记者艾普丽尔莎拉米歇尔盖拉以及好友凯西琼斯克里斯伊万斯的帮助下，在老师斯普林特的指点下，忍者神龟们再次挥起手中的利刃，为正义而战殊死一搏。