在百子成功渡过地表入侵，山地基因危机，Ari智能危机以及天幕辐射危机的5年后，天空人和小oHeda领导的地表人又回到了地面。在重建家园的时候，意外发现大战前美国国防建立的海底智能化基地由于备用供电终止，浮出水面。在探索后发现，基地并没有幸存者。在修好了供电设备后，天空人进入了海底基地的控制系统，原来这是在冷战时期就开始研发的太空战基地，之所以修在海底是为了安全和保密。海底基地可以接入还在运行的军事卫星，意外发现美国已经偷偷和宇宙的神族文明取得了联系，神族文明的外交舰队已在百年前出发，现在已进入银河系的边缘。神族文明发现地球文明已经不复存在。同时ari当时备份在宇宙空间站的系统错误判定神族文明的来意，希望他们能帮助人类重建家园。然而神族文明却已开始了殖民地球的计划。外交舰队的任务是消灭地球残留文明建立新的秩序。天空人和地表人将如何利用地球倒退的文明击败宇宙神族将是本季的亮点。基本剧情设定，神族文明也是碳基生物，具有和人类相似的外形，其武器也是基于量子力学开发的，只不过比人类当年科技全胜的要先进。神族文明当年和地球文明互相发现后，认为地球文明的科技具有爆炸性，未必能在到达地球后仍保持技术领先，不过由于对于未知世界的好奇，他们派出

故事时间已经过去六年，主人公分处三个不同区域：Clarke带着养女Madi（Lola Flanery）在地表为生存而战，那个曾经善良的Clarke已经将世界观和人生观更改为「这世上没有好人」；Bellamy、Raven、Murphy、Harper、Emori和Echo困在太空，依靠Monty的「藻场」续命；Octavia、Abby、Kane、Indra和其他人仍然留在地下掩体，那里的暴力与日俱增。Octavia成了领袖，负担着团结「Onekru」的重任。无论如何，Bellamy、Clarke和Octavia会再次见到彼此。我们不知道这件事何时发生，但它终究会发生。 上季结尾出现的神秘囚船（没错，装囚犯的船）来自地球，他们属于一家名叫Eligius的采矿公司，来自第一次世界末日（核末日）之前。这艘船被命名为「加加林号」（Gagarin），船员通过技术方式沉睡了100年（或者冰冻了100年），如今刚刚回到自己的母星球。船上大多数人都是囚犯——不是本剧一开始时相对天真无辜的少年犯「地球百子」，而是真正的恶棍。这些人手段残忍、恶贯满盈、嗜血成性。问题是……他们已经不认识地球了。本季会介绍这群人中最重要的成员，包括其领袖。他们和Clarke、Octavia、Bellamy等主人公将展开殊死较量。 「加加林号」不是本季唯一的新飞船——在「加加林号」抵达地球后不久，第二艘飞船也来了。这艘船上满载一支军队，他们将鼎力支持Charmaine及其团队。 Clarke对于「当母亲」这件事是相当认真的，她甚至愿意放弃自己原则（所以本季的主题是「没有好人，没有坏人，只有生存者」）。Clarke和这个被称作「女儿」的女孩Madi在一起已经整整六年时间，虽然两人的年龄差距最多只算得上姐妹，但她还是把她视为女儿。如果Madi、Bellamy和Octavia三者之间发生利益冲突，Clarke可能毫不犹豫地选择Madi。此外，制片人承诺第五季会解释Clarke和Madi相遇的经过，那六年间发生了哪些事情。令人感到担心的是，Clarke对Madi的全心全意可能无法换来Madi对Clarke的全心全意，Madi与另外一个角色建立的特殊关系让Clarke感觉不安。