《学战都市Asterisk第二季》讲述袭击了二十世纪的地球的前所未有的大灾害落星雨。在这场大灾害之下，世界多数的都市遭到毁灭。但，从陨石中发现的未知元素万应素，让人类的科学技术加速发展，终於诞生出被称作星脉世代、拥有特异之力的新人类。世界最大的综合战斗娱乐项目星武祭的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市六花。转学到星导馆学园高等部的特待生天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。
水上學園都市「六花」── 在這座通稱 Asterisk 的城市內，以世界最大綜合戰鬥演藝「星武祭」的舞台而遠近馳名。分屬於六間學園的「星脈世代」少年少女們利用煌式武裝，賭上自己的願望競爭霸業。 主角 天霧綾斗也是學生之一，綾斗在星導館學園學生會長 克勞蒂雅的邀請之下來到六花，尤莉絲與綾斗組隊參加鳳凰星武祭，雖然打贏吸血暴姬 依蕾奈，不過綾斗的弱點「戰鬥有時間限制」也曝了光，接下來第五輪的比賽又會遇到怎樣的對手呢！？