正义联盟：亚特兰蒂斯王座全集故事延续《正义联盟：战争》，背景讲述的是高谭市接二连三发生绑架案，嫌疑人都指向了蝙蝠侠。蝙蝠侠（杰森·奥玛拉 Jason O"Mara 配音）和绿灯侠（贾斯汀·柯克 Justin Kirk 配音）分头找到真凶的线索，对方留下一个神秘仪器后自爆。为了解开仪器的秘密，二人出发寻找超人（艾伦·图代克 Alan Tudyk 配音）希望弄清真相。当他们正逼近事实时，仪器突然启动，原来这是某个外星入侵者设置的时空通道装置，大批外星人通过它开始侵略地球。与此同时，斯通博士也就神秘仪器展开调查，斯通博士的儿子橄榄球员维克-斯通（Vic-stone）（谢默·摩尔 Shemar Moore 配音）意外被仪器感染，死而复生化身拥有强大实力的超级战士，可以将金属融合成武器，并意外拥有与外星电脑联系的能力，了解外星人的阴谋。
艘海军潜艇在马里亚纳海沟神秘沉没，正义联盟派出钢骨维克多（Shemar Moore 配音）调查，谁知维克多却在事故现场遭到一伙神秘对手的袭击。在此之后，超人（Jerry O"Connell 配音）、黛安娜（Rosario Dawson 配音）、闪电侠（Christopher Gorham 配音）、绿灯侠（Nathan Fillion 配音）、蝙蝠侠（Jason O"Mara 配音）、神奇上尉等正义联盟伙伴相继云集总部，经联合调查后发现幕后真凶竟与古老的亚特兰蒂斯有关。这群深海战士在野心勃勃的奥姆王子的率领下向人类宣战，两个种族的全面战争一触即发。危机时刻，不久前刚刚承受丧父之痛的男子亚瑟（Matt Lanter 配音）成为事件的关键。以此为契机，亚瑟以及整个正义联盟的命运都发生了改变……