在遥远的未来，前地球时代人们因放弃了环境恶化的地球而飞向宇宙，在很久之后以众神的身份重回地球，并利用技术使地球恢复，可是因为恢复太过而使地球的土地出现了问题，使只有神州日本得以给人生存。可是本身为了人类的历史能够顺利进行而成了身为前地球时代的历史书的圣谱，在自动更新的机制下却在更新至 1648年停止更新，造就了世界的危机，作为代价而被世界各国的教导院分割支配了。因极东之外的地区环境过于严酷而使各国无法返回各自的领土在受到世界各国各种各样的支配下的极东地区各国的王与战国大名于教导院的共同生活开始了。
被各国分割统治的极东之地的中世纪的神州：日本，被逼由世界各国成立的圣谱联盟(圣联)支配，而唯一被圣联承认的极东领土却是「武藏Ariadust教导院」——一艘由八舰组成的飞行舰。
经过了“重奏统合争乱”后，把联系著人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。然后，是各位把迷惑与抉意藏于胸口，前进开拓著未来的人们。
把互相重合的中世纪世界作为舞台，学生们在学园国家间的抗争正式上演了！描绘AHEAD系列“终焉的年代记”与都市系列之间的时代的，壮大的物语“GENESIS”系列，终于开始！
