该剧以明朝初年的靖难之役为背景。剧名的“洪武三十二”（年），正是明惠帝朱允炆登基更改年号的“建文元年”（1399年），但明成祖朱棣夺位后不承认建文年号，改称“建文元年”为“洪武三十二年”，以示自己为洪武帝（明太祖朱元璋）的合法继承者。 洪武三十一年，明太祖朱元璋驾崩，其遗诏失踪，燕王朱棣对传位于朱允炆之合法性提出质疑。 失忆锦衣卫敖笑风与马三保为追查遗诏下落，引起了一连串明争暗斗。其后遗诏寻回，允炆终登上帝位，是为建文帝。此时宫中接二连三发生神秘谜案，笑风与三保再次追查真相，二人斗智斗力，最后竟发现正卷入一个致命的阴谋漩涡之中……