故事从两个年轻的飞行员开始。马库斯·拉什上尉和他的僚机阿历克斯·罗梅洛上尉在例行侦察任务。映入马库斯眼帘的是一片又一片的残骸，这让马库斯感到非常难过。他回忆起了早年他的姐姐玛琳和未婚夫斯科特随同第21火星师离开了基地去解放地球，但迎接他们的只是死亡。随后，两人避免了与因维德侦察机的相遇（这得感谢他们的暗影战斗机），回到了月球基地阿鲁斯。
在阿鲁斯基地，莱因哈特将军正在和文斯·格兰特上校谈论卡特上将还没有到达基地的事情。随后从SDF3号那里传来了瑞克的信号。满头银发的瑞克，还有那个难看的大伤疤。莱因哈特和文斯问瑞克为什么还没有到达基地。瑞克让他们不要推迟进攻，当他结束在奥密克戎区的中子弹测试后就回来加入战斗。正说着说着，突然有一声巨响从瑞克那里传来，瑞克的信号就此中断。文斯要求带着伊卡鲁斯号前去营救，莱因哈特同意了文斯的请求，并且叮嘱文斯除了伊卡鲁斯号，不要告诉其他任何人这件事。
在阿鲁斯基地，莱因哈特亲自给远征军战士们讲解进攻反射点的方案。莱因哈特表示，如果万不得已，我们只能用中子S导弹来结束这场战争。
战斗终于要开始了，马库斯和阿历克斯在升降机内遇到了其他中队的战友。他们看到了一位非常迷人的女孩子，马库斯非常喜欢她。阿历克斯怂恿马库斯前去搭讪。马库斯感到很不好意思，糊里糊涂地说自己非常喜欢她肩上的骷髅中队标志。女孩子说自己是骷髅中队的队长，叫玛娅·斯特林。骷髅中队全体哈哈大笑，这更让马库斯觉得很没面子。
马库斯和阿历克斯隶属于达瑞尔·泰勒中校的狼中队。一场恶战在两个种族之间展开，一批又一批年轻的生命向他们从未见过的家乡冲去，但迎接他们的只有黑暗与死亡。泰勒中校的座机被因维德人刺中，不幸遇难。马库斯险些丧命，被玛娅所救。两个年轻人互相打了个友好的手势。
与此同时，在SDF4号上的莱因哈特对地面部队还没有打通前往反射点的道路极为愤怒与焦急。斯派克司突然收到了来自斯科特的信号。斯科特告诉莱茵哈特他们需要更多的支援。莱因哈特要求斯科特坚持抵抗，随后增派了更多的暗影战斗机。
斯科特在树丛里突然发现了爱丽尔。两人进行了简单的交谈。爱丽尔准备去找她的母后瑞吉斯，劝瑞吉斯离开地球。爱丽尔与瑞吉斯进行了一番交谈，他们谈到了机器人统治者带来的阴影以及暗影之子等等。瑞吉斯看到中子S导弹正向因维德蜂房冲来，认为人类无比的邪恶。这促使瑞吉斯决定离开地球，并且为了她的女儿爱丽尔，瑞吉斯消灭了所有的中子弹拯救了人类，因为爱丽尔爱上了斯科特。瑞吉斯带领着种族离开了地球，摧毁了所有的导弹。
在宇宙的另一边，文斯率领着伊卡鲁斯号抵达了奥密克戎区，却被吸入了黑洞中。我们的小路易、帅路易终于出场了。路易现在的身份是伊卡鲁斯号的首席科学家，他设计了一个作战方案使他们平安地逃脱了黑洞。文斯终于联系上了瑞克和SDF3，瑞克告诉文斯要他们快回地球转告莱因哈特不要使用中子S导弹。文斯决定在营救完 SDF3号和科考船丢卡利温号后再返回地球。当文斯开始营救时，却遭到了不明敌人的进攻，无奈之下，文斯留下了SDF3号带着丢卡利温号返回了地球。
在反射点大战结束后，伊卡路斯号和丢卡利温号返回了地球空间。他们被一艘不明敌机跟踪，但敌机被斯科特击毁。斯科特在大战之后从地球回到了阿鲁斯基地。斯科特与马库斯重聚，喝酒聊天。这时爱丽尔出现了提醒斯科特要当心暗影之子。马库斯非常愤怒，责问斯科特为什么要带杀害她姐姐的外星人来。一场小冲突在两个人之间爆发。
文斯派路易和玛娅察看科考船丢卡利温号。船上所有的人都死了，但他们意外地发现了机器人贾妮斯。贾妮斯的体内隐藏着海顿人的技术。路易和贾尼斯很快成为了好朋友。
斯科特和爱丽尔两人设法让文斯相信海顿人会惹麻烦。莱因哈特派文斯和伊卡鲁斯号去自由号空间站察看剩余舰队的情况，随同前往的还有斯科特、爱丽尔和骷髅中队。
在遥远的自由号空间站上，远征军遭到了海顿人的袭击。此时，海顿人正在回复先知爱威尼斯的询问。海顿人使远征军的暗影隐蔽器失灵并且发生了爆炸。文斯告诉每个人放弃使用暗影技术。阿历克斯在与海顿人的战斗中不幸牺牲。伊卡鲁斯号停靠在自由号空间站上。文斯想到了一个对策，决定使用一枚中子S导弹来摧毁海顿人的舰队。他命令自由号空间站完全撤离，全体舰队进入大天使级殖民舰。自由号空间站和远征军舰队，在爱丽尔远程传送的帮助下成功地撤离到了大天使号。斯科特和文斯，驾驶着旋风车在自由号空间站里安装中子S导弹的计时器。大天使号执行空间折迭回到了地球。自由号空间站和海顿舰队在中子弹的爆炸中灰飞烟灭。
最后，镜头回到了月球空间，莱因哈特和文斯断定海顿人就是新的敌人。莱因哈特命令文斯继续营救卡特上将和SDF3。玛娅和马库斯，路易和贾尼斯成了新的拍档。
新的故事才刚刚开始。
