人称“城市猎人”的杀手冴羽獠（Saeba Ryo)终于向他的拍挡兼恋人桢村香（Makimura Kaori)求婚。但獠是没户口的“黑人”是不可能和香真正结婚的，但作为形式，也为了香的心愿，獠同意和香拍张婚纱照。可就在拍婚纱照的路上，香为了救一个小孩而被卡车撞倒，抢救无效后，她的心脏被捐出，但心脏却被人抢走，不知所踪。因为香的事，獠很内疚和自责，开始自暴自弃，他的朋友新宿警局局长野上冴子多方调查未果，心脏一直下落不明，但这也成了獠继续活下去的动力，因为他相信心脏会回来！
被抢的心脏被移植到了一个代号“Glass Heart”女杀手的体内，而“Glass Heart”是因为不想再被组织控制再杀人而自杀，因为决心一死，所以手术后一直拒绝清醒。但香的心脏是一颗顽强的心，它不但留有香的记忆，还保留了对爱人獠思念，于是想死的人与不想再死的心在剧烈的斗争着。最终“Glass Heart”被心脏强烈的意识所影响而醒来。“Glass Heart”在香的梦中看到獠总有一种温暖感，于是她摆脱了组织前往新宿找獠。
“Glass Heart”真名李香莹，是她所在组织老大李坚强的亲生女儿，因为一个阴谋，李一直都不知道失踪的女儿就在自己的组织，直到他知道，“Glass Heart”却自杀了，与是为了救活她……得知心脏是“城市猎人”獠的拍挡桢村香的，并且知道“Glass Heart”在心脏的记忆牵引下来到新宿的李也来到了新宿，但他的替身也是他的亲弟弟李谦德却被射杀，生命危在旦夕，阴谋笼罩着新宿……
原来李氏兄弟与獠相识多年，李的弟弟李谦德更是好友，李来新宿就是来找獠的，獠也从奄奄一息的谦德那知道了事情的大概，于是他答应保护李的女儿香莹。几经周折，两人见面了，最后一场激战，阴谋也最终揭开，“Glass Heart”也脱离了组织，李因为愧疚，不敢与女儿相认，于是把他那不知道父亲是谁的女儿托付给獠，而香莹也要求獠做她的爸爸，最终獠接受了这个女儿，他的生活有了新的支柱。不久“城市猎人”重新出山，父女拍挡的“城市猎人”故事就真正开始了！