话说在纽约市的下水道之中住着四只功夫高强的忍者龟,它们跟随着忍者师父—一只来自日本的超级大老鼠。一次偶然机会,它们救了一名正义的电视女记者,她也成为了唯一知道忍者龟藏身处的人。在多次行侠仗义后,他们与城市里的一个神秘组织结怨。这个组织招募了很多无知的青少年,教他们功夫,同时也指示他们做坏事。在神秘组织的一次突袭后,由于寡不敌众,忍者神龟受了重伤,同时,他们的老师也被这个神秘组织抓去。
这个时候,女记者的上司又抱怨儿子经常夜不归宿。原来他也已经参加了那个组织。而在看到神秘组织领导对待老鼠老师的凶残后,少年跑来通知了忍者龟,并告诉了他们神秘组织的藏身地。而老鼠老师这个时候也听出,那个总是戴着面具的神秘组织头目,就是多年前在日本杀死自己主人的坏蛋。最终,忍者神龟们齐心合力,救出了自己的老师,彻底粉碎了神秘组织,而他们,也成为了少年们心中的英雄,成为了他们的新偶像。