影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久，马丁就与美丽的贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰）坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒，等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。
上集中因实验失事变成苍蝇的科学家，留下遗腹子，被一个科学研究机关收养。机关主任待他如己出，养父与养子之间感情融洽。但养父其实是把养子当研究对象，同时利用他的头脑，解答他生父留下的问题：如何把一个物件分解成粒子，传送到另一个空间去。养父给养子一个高级居室，但暗地里装置录影机，侵犯他的隐私，录下他与女朋友做爱的经过，并且把他的女友赶走，全面控制他的生命。该青年成长到某年龄，也开始变形。养父早计算到这一步，遂静观其变，作为研究。养子终于逃走，他逃走前已找到解救自己的方程式，并把研究计划的电脑操作软件用一个暗码锁住。养父派人把他抓回来，盘问他的暗码。已经变成怪物的他进行反击，把养父的党徒消灭。最后，他抓了养父一起走进物件分解传送器，利用养父人类的遗传密码把自己变回人，把养父变成怪物。他发动分解传送器时，打开电脑操作软件的暗码原来是一个字："爹"(DAD)。
